分子内氢键指的是分子内部氢原子与分子中的氧、氮或者氟原子之间形成的氢键。氢键是分子间的相互作用力之一，其重要性在于其在分子的性质中扮演着重要的角色。分子内氢键的形成与性质研究颇有研究价值。
分子内氢键的形成是由于氢原子具有较小的体积和较强的电负性，而氧、氮、氟原子具有较大的电负性。当它们结合在一起时，氢原子会被推向周围，使分子构型稳定。分子内氢键的形成对于物质的很多性质都有很大的影响，如分子的极性、结晶的稳定性和结构、液体的性质等。
现代化学已经使用X射线衍射技术研究了许多复杂分子的结构和分子内氢键的结构。许多生物分子中的分子内氢键的研究也给人类的生物学研究带来了很大的帮助。人们正在研究如何制造一些具有强分子内氢键的材料，以便开发更高效的药物和其他化学品，同时也可以帮助设计更好的材料。
